Deriva dal greco Calchedonios latinizzato in Calcedonius e si riferisce all'antica città di Calcedonia, situata nella regione della Bitinia sul Bosforo: il significato è quindi "abitante di Calcedonia". Oggi Calcedonia corrisponde a Kadıköy, moderno quartiere di Istanbul.
Il termine calcedonio è anche il nome generico dato al minerale quarzo e ha la stessa etimologia (in quanto nella zona circostante Calcedonia si estraeva questo minerale).
L'onomastico si festeggia il 7 settembre in memoria di san Calcedonio, martire venerato soprattutto in Sicilia e a Malta.